Azerbaycan’daki en eski insan yerleşimleri Taş Devri’ne kadar uzanır, bu yerleşimin bulgularına Azıh Mağarası’nda rastlanmıştır.

Azerbaycan’da milattan önce dokuzuncu yüzyılda, ilk İskit-Saka yerleşimleri başladı. İskitlerin ardından Manna Devleti (MÖ IX), sonra İranlı Medler (Persler), Aras Nehri’nin güneyindeki bölgeye egemen oldular (MÖ IIV). Medler, MÖ 900-700 arasında büyük bir imparatorluk kurdular ancak MÖ 549 yılında yıkıldılar ve topraklarına Ahameniş İmparatorluğu sahip oldu. Ahamenişlerin, Azerbaycan topraklarını da ele geçirmesi üzerine buralarda Zerdüştlük yayılmaya başladı. Daha sonra Büyük İskender’in imparatorluğu Azerbaycan’da egemen oldu, devamında Selevkos İmparatorluğu’na bağlandı. Romalılar da Roma İmparatorluğu devrinde buraya yerleşti. Bölgenin asıl yerlileri olan Albanyalılar MÖ dördüncü yüzyılda bir imparatorluk kurdular. Bu devirde Zerdüştlük, Atropatena ve Kafkasya coğrafyasında yayıldı.

Albanya Sasani İmparatorluğunun vasal bölgesi haline geldi. Devlet hristiyanlığı kabul etti. Bölge uzun zaman Bizans ve Sasani akınlarına maruz kaldı ancak varlığını sürdürdü. Abbasi Halifesinin siyasi boşluğunda bölgede birçok devlet kuruldu. 11. yüzyılın başlarında Orta Asya’ dan Batı’ ya doğru ilerleyen Oğuz Türkleri bölgeyi ele geçirdi. Bölgeyi ele geçiren ilk Türk Devleti Gazneliler oldu 1030. Bölge 1136′ da İldenizliler, Moğol istilasından sonra İlhanlılar, bir süre Altın Orda, 14. yüzyılda ise Karakoyunlular, Akkoyunlular hakimiyetinde kalmış.

1500 yılında Safevi Devleti bünyesinde olan bölgede daha sonra bir çok hanlık kurulmuştur. Rus İran savaşlarının ardından 1813 yılında bölgedeki hanlıkların çoğu Rus hakimiyetine girmiştir.

1828’de Rus İmparatorluğu’nun egemenliğine girmiştir. 1918’de Mehmet Emin Resulzade Müsavat Partisi’ni kurmuş ve Rus ve diğer devletlere karşı millî bilinç ve millî kuvvet oluşturulmuştur. 1918-1920’de Kafkasya Kurultayı’nı toplamış ve 28 Mayıs 1918’de de Azerbaycan Demokratik Cumhuriyeti’ni kurmuşlardır. Bu devlet Orta Doğu’da ilk cumhuriyet olmuştur. Ancak 1920’de Kafkasya ötesi Sovyetler Birliği’ne katılmıştır. 30 Ağustos 1991’de SSCB çöküşüyle bağımsızlığını yeniden ilan etmiştir.

1990 yılından sonra, Azerbaycan SSC Yüksek Konseyi, başlıktaki “Sovyet Sosyalist” kelimesini kaldırdı, Azerbaycan Cumhuriyeti Bağımsızlık Bildirisi’ni kabul etti ve devlet bayrağı olarak Azerbaycan Demokratik Cumhuriyeti’nin bayrağını kullanmaya başladı. 18 Ekim 1991’de Azerbaycan Yüksek Konseyi, ülkede yapılan referandum yoluyla Bağımsızlık Bildirisi’ni doğrulattı ve bağımsız oldu; Aralık 1991’de Sovyetler Birliği resmen dağıldı.